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英国审计署报告指出，英国新国民身份证计划所推出的电子护照存在缺陷，即近300万份有效期为10年的电子护照，其芯片的保修期却仅为2年。白厅表示，由于新护照所采用的一些技术尚未经实践检验，有可能导致乘客在机场发生延误。这使得人们对电子护照能否在反恐中发挥安全作用产生怀疑。
国家审计署的报告指出，费用高达4.4亿英镑的内政部电子护照工程已在预算范围内及时交付，但由于存在技术缺陷，现在还不能说明其物有所值。目前在英国，更新一本电子护照，费用已从过去的51英镑提高到66英镑。在电子护照的芯片中，存有持照人的数字相片及个人详细情况和特征。在出入境时可通过电子扫描设备进行识别。英国政府希望到2012年，所有英国护照持有人均使用电子护照。这是英国新国民身份计划的一个重要组成部分，以掌握每个人出入境的详细情况。
国家审计署的报告指出了新护照存在的缺陷。比如，尽管护照的有效期为10年，但飞利浦半导体公司所提供的芯片的保修期仅为2年，这不仅会导致护照更新数量上升，而且还会增加更新费用。其次，到目前为止，英国已颁发了近300万份电子护照，但机场出入境的护照电子扫描设备到年底才能完成升级，新的电子扫描设备需要8秒钟才能完成识别，这可能导致旅客延误乘机。此外，面部识别技术尚不可靠，无法自动核实数据库中护照持有人的相关资料。白厅的审计人员还表示，目前，出入境移民官仅能判断护照相片是否与数据库中所存电子照片相符，如要鉴别护照真伪，还需走回办公室，用价值1300英镑的技术更加复杂的电子设备来核实电子签名。
英国内政部官员赖恩表示，持英国电子护照到美国依然可以免签。到2009年，电子护照中将包含指纹数据，这将使英国护照成为世界上最安全的护照。